El paso de sangre de la aorta a la arteria pulmonar produce un flujo excesivo de sangre a los pulmones, causando presión alta en las arterias pulmonares. Entre más grande sea el orificio, mayor volumen de sangre pasará y los síntomas serán más severos.

Los bebés con ventana aorto-pulmonar, generalmente, no se alimentan bien y se cansan fácilmente.  Ellos pueden desarrollar insuficiencia cardiaca congestiva y otras complicaciones. Por esta razón, este defecto debe ser reparado cuando se hace el diagnóstico.

Si no se diagnostican temprano en la vida, algunos de estos niños pueden desarrollar presión pulmonar alta sostenida (hipertensión pulmonar) secundaria a los cambios en el crecimiento de las arterias pulmonares. Esta complicación severa de la ventana aorto-pulmonar puede hacer que algunos niños sean inoperables.