El inicio de la enfermedad de Kawasaki es marcado por una fiebre repentina alta que dura por lo menos 5 días. Esto está acompañado por irritabilidad extrema – más de lo que se esperaría normalmente por la fiebre.

Otros síntomas asociados con la enfermedad de Kawasaki son erupciones y/o inflamación que afecta a las extremidades (manos y pies), así como en el área de la ingle, boca y ojos. También puede haber inflamación de los nódulos linfáticos. Los labios se vuelven resquebrajados y sangrantes y la lengua se torna roja. Además, el paciente puede tener el cuello rígido, la vesícula inflamada, dolor abdominal, dolor de las articulaciones y piel resquebrajada en los pies y manos.

Los efectos cardiacos de la enfermedad consisten en miocarditis (inflamación del músculo cardiaco) y dilatación o aneurismas de las arterias del corazón  o arterias coronarias (las arterias coronarias son vasos sanguíneos en la superficie del corazón que nacen de la raíz de la aorta y suplen al músculo del corazón con sangre rica en oxígeno). Los aneurismas coronarios son el resultado más devastador de la enfermedad de Kawasaki, ocurriendo en un 20% de los niños no tratados  y en menos del 5% de los niños con un tratamiento adecuado. La mayoría de los aneurismas se forman en la porción proximal de las arterias coronarias (cerca del punto de unión con la aorta). Pueden causar un infarto al corazón si obstruyen el paso  de la sangre  al músculo cardiaco.

Si la debilitación de las arterias coronarias o los aneurismas no desaparecen después de que el paciente se ha recuperado de la enfermedad de Kawasaki, pueden causar problemas en el futuro. Por ejemplo, puede haber engrosamiento u obstrucción de las paredes de las arterias coronarias debido a calcificación o al desarrollo temprano de ateroesclerosis (depósitos de material graso).